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La tarea de la sistemática filogenética es construir un sistema que contenga únicamente grupos monofiléticos, es decir, representar todas las relaciones entre grupos hermanos. Una vez se ha reconocido un grupo monofilético, el siguiente paso es siempre la búsqueda del grupo hermano.
La sistemática filogenética ,debe estimar el producto de la filogénesis, entendida esta como crónica evolutiva, es decir, la descripción de la bifurcación de especies troncales en otras especies.
GRUPOS
Tiene una importancia fundamental el concepto que se tenga de las unidades de estudio. Ya que estos grupos de organismos son los que se van a estudiar después y sobre los que se basa toda construcción teórica y práctica posterior.
Grupo monofilético
Los grupos monofiléticos son la base para el estudio cladista y no acepta otro tipo de agrupación que no sea monofilética. Un grupo monofilético es un grupo de especies descendientes de una simple especie que incluye todos los descendientes de esta especie troncal.
Hay que hacer notar que el concepto monofilético también incluye a la especie troncal, además, no puede ser aplicado a una simple especie. Un grupo monofilético debe contener por definición, al menos, dos especies. Por lo tanto el monofilum está formado por un grupo de especies filogenéticamente "cerrado", es decir, son un grupo de especies que mantienen entre ellas la relación de parentesco más cercana posible, sin que ningún taxón externo tenga una relación igual o más cercana.
Resumiendo, sólo podemos hablar de monofilia de un grupo de especies cuando sus miembros, sin excepción, descienden de una misma especie troncal, compartida únicamente y exclusivamente por ellos.
Grupo parafilético
Es un grupo que incluye un ancestro común y algunos de sus descendientes, pero no todos. Es un grupo basado en simplesiomorfías. Existe exclusivamente a un nivel m etodológico. Se trata de un grupo artificial, esto es, que no existe en la naturaleza.
Grupo polifilético
Este es otro grupo artificial. Es un grupo en el que el ancestro más reciente no es miembro de este grupo.