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A partir de lo señalado sobre qué es la física y la química, podemos señalar sus diferencias y similitudes más marcadas. De este modo, para diferenciar ambas formas de estudiar la materia, tenemos que decir que la física estudia muchas otras cosas además de átomos, electrones y moléculas. Por ejemplo, también estudia la luz, las ondas gravitacionales y electromagnéticas, los agujeros negros, la expansión del Universo, el calor, otras partículas elementales como los bosones de calibre W / Z o los bosones de Higgs, y muchas otras cosas, de modo que estudia otros aspectos de la materia además de su composición a partir de átomos o moléculas (cuando estudia el calor, se trata de la energía transportada por los átomos pero le interesan propiedades completamente diferentes que solo la disposición de los átomos dentro de las moléculas).
La química por su parte, estudia cosas muy específicas: los fenómenos en los que los átomos en las moléculas se reorganizan en diferentes moléculas (reacciones) y la estructura de estas moléculas como una colección organizada de átomos. Lo estudia porque quiere convertir materiales, líquidos o soluciones a otros, generalmente porque estos materiales o compuestos tienen algunas aplicaciones. Es una versión científica moderna de la alquimia que comenzó con esta investigación en un marco no bastante científico. Si bien la química está muy avanzada hoy, no usa demasiado las matemáticas.