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Juan Santos estableció su cuartel general en el Gran Pajonal, luego de destruir 25 misiones franciscanas y expulsarlos de la selva central. Rápidamente, el virrey Marqués de Villagarcía mandó expediciones militares en 1742 y 1743, dirigidas por Pedro Milla y Benito Troncoso, integradas por soldados profesionales, enviados del Callao y por milicias reclutadas en Tarma y Jauja. Los españoles fueron derrotados gracias a una estrategia militar adecuada para el terreno del monte: la guerra de guerrillas. La estrategia de emboscadas fue utilizada por los hombres de Juan Santos durante los diez años que duró el movimiento, sumando a esto la toma de algunas ciudades importantes por algunos pocos días, lo cual, si bien no significaba ningún éxito militar a largo plazo, sí calaba hondo en la moral de los españoles y conseguía difundir los logros del movimiento en amplias zonas del virreinato, mientras hacía aumentar el sentimiento de inseguridad. En la expedición de 1743, los españoles establecieron un fuerte en Quimiri (La Merced), pero fue destruido por los rebeldes el 1 de agosto, consiguiendo después la toma del valle de Chanchamayo.
Juan Santos estableció su cuartel general en el Gran Pajonal