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Hay diferencias importantes, las más destacadas:Los mohos son filamentosos, es decir, poseen un micelio vegetativo "aéreo" y otro "profundo". ... El micelio posee estructuras llamadas "hifas" las cuales pueden o no ser septadas (divididas). Ejemplos de hongos filamentosos: Penicillium sp., Aspergillus flavus, etc.
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Levaduras
Las levaduras son hongos, en general, se distinguen del resto de hongos, debido a que normalmente son unicelulares, pero se distinguen de las algas, debido a que no realizan el proceso de fotosíntesis y se distinguen de los protzooarios, porque su pared celular es rígida. Su forma de reproducción predominante es la gemación. Además se distinguen de las bacterias debido a que su tamaño es mucho mayor que el de las mismas. En general hay más de 300 especies de levaduras conocidas y 39 géneros. Es decir, que son un género no muy bien definido, puesto que aún siendo menos que muchos grupos de microorganismos tienen más clasificaciones.
La humanidad ha utilizado, desde tiempos inmemoriales, la ayuda de las levaduras, desde la fermentación de jugos de frutas para la producción de bebidas espirituosas, para la elaboración del pan y muchos otros alimentos nutritivos. Actualmente, se utilizan las levaduras para la síntesis biológica de vitaminas y proteínas a partir de azúcares simples y amoniaco. Aún cuando son sumamente benéficas para la humanidad en un sentido, causan enfermedades en plantas y animales, y así mismo deterioran alimentos y textiles.
Los Mohos
Los mohos son parte del grupo de los hongos, representan un gran campo de estudio para la microbiología, sobre todo por su aplicación en los procesos productivos, así como en la vida cotidiana. Los hongos, son heterótrofos, a diferencia de las plantas, estos, se alimentan de materia orgánica muerta o de huéspedes vivos, cuando interactúan como parásitos.
Los mohos tienen la capacidad de adaptarse a condiciones del entorno que no todos los microorganismos son capaces de tolerar, como un nivel de acidez o basicidad en un rango mayor que las bacterias. Debido a que viven desde 2 hasta un valor de 9 de pH. Su pH óptimo es aproximadamente 5.6, valor que no todas las especies bacterianas soportan. Esta propiedad se utiliza para aislar cultivos de bacterias de cultivos de mohos, debido a que si se realiza un cultivo de mohos y bacterias, usualmente las bacterias crecen y se reproducen a un ritmo mucho mayor que los mohos, por lo tanto, suelen cultivarse a pH bajos, para inhibir el crecimiento bacteriano y debido a que los mohos soportan un pH menor, se pueden analizar con mayor facilidad. Además se suele añadir cierta concentración de azúcares, puesto que la mayoría de bacterias son intolerantes a ellas.