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Al llegar las noticias de la revolución de Mayo el 10 de junio de 1810, Borges adhirió a ella inmediatamente y junto a Lorenzo Lugones y José Cumulat presionaron al Cabildo para que reconociera la autoridad de la Primera Junta, lo que hizo el día 29 de junio.
El 2 de julio se convocó al pueblo para elegir un diputado a la Junta Grande, resultando electo Juan J. Lami. Borges se enfrentó al Cabildo impugnando la elección y haciendo llegar esa impugnación a la Junta de Buenos Aires, que declaró tal elección nula. Finalmente en 1811 fue elegido Pedro Francisco de Uriarte. Este fue el primer reclamo de representatividad de los cuerpos colegiados que se conoce en la historia de la Revolución.
Ese mismo año, ascendido a Teniente Coronel, se le encarga la formación de un Regimiento de Patricios Santiagueños, integrado por tres compañías, a cuyo frente se incorporó al Ejército del Norte.
Estando en Jujuy, Borges es acusado falsamente por Francisco Ortiz de Ocampo por el faltante de enseres. Castelli lo despidió del ejército y Borges regresó a Santiago del Estero. Posteriormente Borges lo demanda y tras un largo proceso Ortiz de Ocampo fue condenado a pagarle una indemnización.
En 1812 fue elegido miembro del Cabildo y en 1814 castigado por desobedecer al poder central. Por esa fecha existían movimientos autonómicos en todas las provincias y Borges ya sostenía ideas federalistas.
Primera rebelión
En Santiago del Estero crecía el descontento y la oposición al gobernador de Tucumán Bernabé Aráoz. Borges le había escrito una carta al Director Supremo Sustituto Ignacio Álvarez Thomas reclamando la separación de su provincia de la del Tucumán, a lo que Álvarez Thomas le respondió que esos conflictos serían solucionados por el Congreso que se reuniría próximamente en San Miguel de Tucumán, respuesta que no satisfizo a los autonomistas.
El tratamiento dado por Aráoz al Teniente Gobernador Pedro Domingo Isnardi al destituirlo y confinarlo en Abipones favoreció la rebelión.
La noche del 4 de septiembre de 1815 Borges, con el apoyo de las milicias y de gran parte del pueblo, destituyó al Teniente Gobernador Tomás Juan de Taboada, tomó prisionero a Ortiz de Ocampo, reunió al pueblo y fue elegido como Teniente Gobernador provisorio hasta tanto se convocara formalmente al pueblo.
Aráoz reaccionó en forma inmediata enviando un destacamento al mando de Juan F. Lobo. En Chauchillas se unieron a las huestes que los Taboada, familia partidaria de Aráoz, pudieron reunir y el 8 de septiembre se enfrentaron con las fuerzas de Borges en la plaza central de la ciudad. Borges fue derrotado y llevado prisionero a Tucumán; desde la cárcel se fugó hacia Salta donde se asiló bajo la protección del General Martín Miguel de Güemes. Güemes apoyaba la separación santiagueña de Tucumán, por motivos diversos.
Estando en Salta participó de las acciones que desembocaron en la autonomía salteña.
El Teniente Gobernador Tomás J. de Taboada renunció a su cargo y Manuel Belgrano propuso al Congreso la designación en ese cargo del Sargento Mayor Gabino Ibañez quién asumió el 30 de agosto de 1816, e informó a Belgrano del estado de convulsión en que se encontraba la provincia.
Segunda rebelión
Borges regresó de Salta y secundado por Lorenzo Lugones, Lorenzo Goncebat y Pedro Pablo Montenegro, sublevó nuevamente al pueblo y preparó un nuevo intento separatista que estalló el 10 de diciembre de 1816, declaró la autonomía absoluta de la provincia y se autoproclamó gobernador. Ibañez fue detenido y enviado preso a Loreto.
En respuesta Manuel Belgrano, maliciosamente informado por Bernabé Aráoz que Borges se había levantado en contra del Ejército de la patria , envió tres destacamentos en su búsqueda y ordenó sofocar la sublevación.
Borges se retiró hacia Loreto, donde fue localizado y derrotado por Aráoz de La Madrid en Pitambalá el 27 de diciembre de ese mismo año. Borges huyó a Guaype y se refugió en casa de los Taboada, donde la historia cuenta que Leandro Taboada lo entregó a La Madrid.