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Todos los microorganimos pueden clasificarse en tres:
- Reino Moneras: son procariotas, y en este grupo se encuentran las bactorias y las cianobacterias
- Reino Protoctista: son eucariotas, y aquí encontramos protozoos y algas
- Reino Fungi: en este reino aparecen eucariotas unicelulares y, ocasionalmente , pluricelulares
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