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La palabra célula viene del latín cellula (pequeña celda) formada de cella (celda) y el sufijo diminutivo -ula, que encontramos en palabras como cápsula, molécula, vernácula. La palabra latina cella viene de una raíz indoeuropea *kel- (cubrir, esconder), que encontramos en las palabras ocultar, célula y color.
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Robert Hooke fue el primero en utilizar la palabra "célula", cuando en 1665 hacía observaciones microscópicas de un trozo de corcho. Hooke no vio células tal y como las conocemos actualmente, él observó que el corcho estaba formado por una serie de celdillas, ordenadas de manera semejante a las celdas de una colmena; para referirse a cada una de estas celdas, él utiliza la palabra célula.
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