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Es considerado el primer anatomista, médico de la corte de Ptolomeo II (quien se interesaba personalmente por la anatomía), fue el creador de la anatomía como ciencia independiente, ya que antes era considerada como una parte de la cirugía.
Herófilo fue el primero en hacer disecciones anatómicas en público, iniciando esta práctica médica junto a Erasístrato de Ceos. También practicó vivisecciones en criminales y esclavos condenados a muerte.
Utilizando dicho método, Herófilo describió una serie de formaciones anatómicas: el cerebro y sus meninges; los plexos vasculares; los senos venosos y su confluencia (torcular Herophili); los nervios, que con precisión delimitó de los tendones; las arterias, que diferenció de las venas; los vasos lácteos (de los que, por cierto, no apreció su significación), y otros vasos, en particular las venas pulmonares. Herófilo descubrió también el duodeno, la próstata.