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Los microfósiles pueden corresponder a organismos enteros, o microbiota o a fragmentos de las partes duras de organismos de mayor tamaño o macrobiota (e.g., dientes, otolitos, espinas). Los microfósiles de animales o de sus partes se conocen como microfauna (e.g., ostrácodos, molares de micromamíferos) aunque también se emplea este término para algunos microfósiles de protistas (e.g., foraminíferos). Los microfósiles vegetales, habitualmente provenientes de la fosilización del fitoplancton reciben el nombre de microflora. La ciencia que se encarga del estudio de los microfósiles se denomina micropaleontología.
Algunos grupos de microfósiles (e.g., foraminíferos, ostrácodos, micromamíferos) tienen una gran importancia como fósiles índice y marcadores en bioestratigrafía, tanto de series sedimentarias marinas como continentales de diferentes épocas.