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Al fin libre, se reintegró a la Universidad de Salamanca, que había guardado excesivo silencio durante el proceso, en una cátedra extraordinaria de Teología diseñada para que explicase teología escolástica. En este sentido, la tradición pone en sus labios la frase «decíamos ayer» («Dicebamus hesterna die») al retornar su cátedra. Palabras que han pasado a la historia como la reafirmación de una mente libre resistente al viento y a las mareas, pero que resulta dudoso que pronunciara, dado lo tardío de su documentación, hasta el siglo XVIII no se menciona que lo dijera, y que ni siquiera volvió a la misma cátedra, en ese momento ocupada por otro profesor. Aparte de que pasaron varios meses hasta que la justicia aclaró qué estudios y qué aula debía asumir.