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En 1735 publicó su Systema naturae (Sistema natural), el primero de una serie de trabajos en los que presentó su nueva propuesta taxonómica para los reinos animal, vegetal y mineral.
En 1751 Linneo publicó Philosophia botanica (Filosofía botánica), su obra más influyente. En ella afirmaba que era posible crear un sistema natural de clasificación a partir de la creación divina, original e inmutable, de todas las especies . Demostró la reproducción sexual de las plantas y dio su nombre actual a las partes de la flor.
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