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El término mónera tiene una historia larga en la que ha cambiado de significado, aunque ajustado siempre a lo que señala su etimología, del griego μονήρης, moneres, simple, como referencia a los microorganismos más simples. El término fue usado inicialmente en esta forma por Ernst Haeckel en 1866. Haeckel fue el primero que intentó establecer una hipótesis filogenética de la diversidad biológica, ajustada a la entonces joven y triunfante teoría de la evolución. Dividió a los organismos en tres grandes ramas, Plantae, Animalia y Protista, reuniendo en esta última a las formas «primitivas» que no parecían mostrar un parentesco específico con las plantas y animales «superiores».
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