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El viaje del barco H.M.S. Beagle se inició el 27 de diciembre de 1831 en el puerto de Devonport, dique naval de Plymouth (Inglaterra) y se terminó el 22 de octubre de 1836 en el puerto de Falmouth. Un viaje planeado para dos o tres años, empleó cinco. El viaje del Beagle, al mando del capitán Robert FitzRoy, un miembro de la aristocracia inglesa, tenía dos misiones: primero, continuar con los trabajos cartográficos de la costa suramericana, y segundo, conseguir una determinación más precisa de la longitud terrestre mediante una serie de cálculos cronométricos alrededor del mundo (Nichols, 2003).
Darwin fue aceptado como naturalista del barco, cargo que tomó con entusiasmo, y que le llevaría a recorrer un mundo por completo desconocido para él. Sus funciones consistían en recolectar muestras de plantas y animales, observar y registrar la mayor parte de los detalles de los pájaros, los paisajes, los nativos, el polvo, las plantas. Dice Darwin:
Consagraba parte del día a escribir mi diario y ponía especial cuidado en describir minuciosa y vivamente todo lo que había visto; esto fue una buena práctica. Parte de mi diario sirvió también para mi correspondencia con casa, que enviaba a Inglaterra en cuanto se prestaba la oportunidad (Darwin, 1993, p.44).
Durante el viaje el barco atracó en cerca de 41 puertos principales; entre ellos, las Islas Canarias, Cabo Verde y Saint Paul, Sao Paulo y Río de Janeiro, Uruguay, Buenos Aires, Bahía Blanca, Patagonia, Tierra de Fuego, Estrecho de Magallanes, Chonos, Chiloé, Concepción, Islas Galápagos, Tahití, Nueva Zelanda y Australia. En varias partes donde desembarcaron, Darwin aprovechaba para viajar por la comarca, realizando cerca de once excursiones, unas cortas a pie y otras de varios días a caballo.
Al inicio del viaje, Darwin experimentó malestares propios de un viaje en barco, pero que fueron más intensos de lo esperado por él. Sin embargo, poco a poco, dichos malestares fueron cediendo y le dieron la posibilidad de explorar y cumplir su labor como naturalista del barco (Moorehead, 1980). Los paisajes tropicales le sorprendieron y maravillaron. Todo le parecía majestuoso: la selva ecuatorial, el tamaño de los árboles, las mariposas de colores metálicos, las ballenas, los delfines juguetones, los pingüinos, los insectos, las hormigas legionarias, las aves de vistosos colores, los nativos y sus costumbres, el paisaje. Escribió a su familia: "Podía contemplar sin dificultad bosques, flores, pájaros, y la satisfacción de observarlos era infinita". "Los árboles eran grandiosos y extraordinarios en comparación con los de Europa debido a la blancura de sus troncos" (Moorehead, 1980, p. 42-43).
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