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Las especies invasoras son la principal amenaza para la biodiversidad en Galápagos. Su presencia está vinculada al crecimiento de la población, del turismo y del flujo de transporte marítimo y aéreo, incrementado por la demanda de recursos por parte de los habitantes de las islas.
Explicación: Causa grandes trastornos en la biota de los ecosistemas, lo cual se ve agravado por otros problemas ambientales como puede ser la deforestación, la contaminación de suelos y acuíferos o transformaciones en el territorio. Lo que esto produce es que el desequilibrio que provoca la movilización de todas estas especies en los ecosistemas no se pueda corregir de manera natural debido a la rapidez del proceso.
No todas las especies introducidas causarán grandes estragos en las relaciones entre las demás especies, puesto que muchas no serán capaces de adaptarse al nuevo medio y no sobrevivirán. Sin embargo, sí lo harán aquellas con una mayor capacidad de adaptación, provocando incluso la desnaturalización del ecosistema y la pérdida de biodiversidad al producirse la muerte de especies autóctonas fundamentales que se ven desplazadas por las nuevas llegadas. Como resultado se obtiene un ecosistema en el que las especies no tienen relación entre ellas.
Existe otro perjuicio más asociado al nivel económico. Se producen graves efectos directos en las actividades agropecuarias y la salud pública (por ejemplo, la avispa asiática, Vespa velutina o el mosquito tigre, Aedes albopictus). Las invasiones son difíciles de controlar y erradicar, siendo costosas y no siempre siendo posibles. La mejor solución es identificar posibles invasiones de estas especies invasoras potenciales para impedir que su crecimiento se convierta en un problema.