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Dichas instituciones han sido ordenadas en tres listados diferentes: en el primero se consignan las universidades fundadas, es decir, siguiéndo un orden cronológico de acuerdo al año en que fueron otorgados sus documentos fundacionales (real provisión, real cédula y bula o breve pontificios); en el segundo van las universidades en funcionamiento continuo desde su fundación, es decir, aquellas consideradas actualmente las más antiguas, prescindiendo de aquellas extinguidas hasta el siglo XIX; y, en la tercera, los colegios mayores, instituciones que, de acuerdo a la normativa de la época, servían de alojamiento como internados a los estudiantes universitarios pero que, en numerosos casos, cumplieron la función de «facultades docentes» de las universidades a las cuales se hallaban adscritas.
No se consignan universidades brasileñas pues no hubo establecimientos semejantes en Brasil sino hasta el año 1912, cuando se funda en Curitiba la Universidade do Paraná. La demanda local menor de especialistas teológicos y jurídicos fue ampliamente cubierta por los colegios jesuitas (desde 1549), mientras que los estudiantes que aspiraban a la educación superior tenían que cursar estudios en la Universidad de Coimbra. En lugar de las universidades, o «estudios generales», los portugueses favorecieron la creación de academias profesionales para responder a la necesidad local de técnicos y profesionales cualificados, entre ellos la creación de la primera escuela de ingeniería de las Américas, en Río de Janeiro el año 1792, y de las escuelas de medicina y cirugía en Bahía y Río de Janeiro, en 1808. Otras escuelas superiores (el equivalente a las faculdades) surgen desde 1827.
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