Respuestas
Mientras se desarrollaba el conflicto en la ciudad, los paganos están desesperados porque son superados por los Cristianos en casi todas las batallas. Pero aquí no termina el peligro, ya que empiezan a asediar la biblioteca.
Cuando todo está por desenlazarse, el emperador romano, envía a alguien para declarar que los paganos son perdonados, aunque los Cristianos pueden entrar en la biblioteca y hacer lo que mejor les parezca.
Hypatia y el resto escapan de la biblioteca, procurando llevarse consigo los documentos que creen que tienen mas prioridad, antes de que sean destruidos.
Luego Davus se pasa a las fuerzas cristianas y regresa con gladius e intenta agredirla, aquí en un momento, ella se quita el collar de esclavos y le dice que es libre.
Tiempo después Orestes, que se ha convertido al Cristianismo funge para la época como el prefecto de la ciudad, mientras Hypatia coninúa investigando el movimiento del sol, de la luna y de las estrellas, algunos cristianos para entonces pensaban que la tierra era una esfera mientras otros pensaban que la gente si se alejaba mucho de la parte superior, se podían caer del planeta.
Davus al ser cuestionado respecto de esto, el prefiere no comentarlo, diciendo que solo Dios sabe estas cosas. Hypatia también investiga el modelo solar que había propuesto Aristarco de Samos.
Mientras todo esto ocurria, le prohíben a Hypatia impartir clases en la escuela. Los Cristianos entran en conflicto con los Judíos lo que ocasiona algunos pequeños distirbios en la ciudad.
El líder Cyril, se da cuenta que Hypatia está teniendo bastante influencia sobre Orestes y presenta y dirige ceremonias publicas que pretendrían forzar a Orestes a dominarla.
Ahora un ex-alumno de Hypatia, llamado Synesius, que para entonces se había convertido en obispo de Cyrene, acude a rescatarla y a abogar por ella ante las autoridades.
Sin embargo le pone como condición, que para ayudarla debería convertirse al cristianismo a lo cual ella se niega. Hypatia hace la teoría de que la tierra orbita alrededor del sol de y que es de forma elíptica en vez de en forma de círculo.
Cyril convence a un gurpo de personas que deciden apedrearla, sin embargo Davus anteriormente decide asfixiarla antes para que no sufra el dolor de ser apedreada.
Éste luego le dice a la gente que se había desmayado y se marcha antes de que comiencen a apedrearla .