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Los principales problemas que conllevan a la pérdida de la biodiversidad en los ecosistemas desérticos son el impacto de las actividades humanas sobre áreas nominalmente protegidas o aquellas en las cuales existen especies en peligro de extinción.
El área más representativa de este bioma y problemática ambiental es el Desierto del Sahara en virtud de su extensión: más de 11.000.000 de kilómetros cuadrados que abarcan varios países árabes y africanos con una patente inestabilidad política, social y económica.
En el mencionado ecosistema las zonas calientes de biodiversidad se han multiplicado en las últimas décadas así como el de número de especies autóctonas en peligro inminente.
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