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La Iglesia católica se estableció en Colombia con el arribo de los conquistadores españoles en el siglo XVI. Junto con las expediciones de conquista venían misioneros de varias órdenes religiosas (especialmente dominicos, agustinos, franciscanos y jesuitas) que se encargaron de evangelizar a los pobladores indígenas, al tiempo que servían a los grupos españoles y criollos establecidos. Dichas órdenes fundaron conventos en distintos puntos del país, especialmente en la región Andina y en la Costa Caribe.
Al advenir la época colonial, se procedió a la creación de las primeras diócesis en Santa Marta, Cartagena, Santafé de Bogotá, Popayán Y Nueva Pamplona. A fines del siglo XVI surgen los primeros seminarios para el clero secular, el cual, por lo demás, siempre adoleció de baja formación en comparación con las órdenes religiosas. Por ello la mayor parte de los obispos durante los siglos XVI y XVII fueron religiosos. El clero secular se encargó de las parroquias de "españoles" y mestizos, y de las doctrinas que iban secularizándose debido a la reducción de la población indígena.