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La taxonomía ("ordenamiento de los nombres") se encarga de proponer, regular y vigilar cuestiones de nomenclatura. Es decir, propone normas y reglas para el nombramiento de las especies y sus rangos taxonómicos (además de otras cosas relacionadas). Estos rangos pueden ser infra específicos (como subespecie y variedad) o supra específicos (como género, familia, clase, etc.). Originalmente, esta disciplina no surgió para clasificar acorde a un sentido evolutivo, sino en uno totalmente creacionista. Linneo (quien consolidara la taxonomía) era creacionista y pensaba que al clasificar a los seres vivos se aproximaba a la mente del creador.
Con el devenir de la teoría evolutiva y dada la necesidad de crear un sistema de clasificación natural (uno basado en las relaciones de parentesco de las criaturas), surgió la Sistemática. Esta disciplina tomaba los nombres producidos por la taxonomía y los colocaba en un sistema de clasificación evolutivo. Sin embargo, al usarse los nombres producidos por la taxonomía se incurrió en la confusión. Ésta aumentó cuando los sistématas comenzaron a sugerir cambios taxonómicos basados en sus hipótesis de parentesco (e.g. cambiar Artiodactyla por Cetartiodactyla).