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En el año 1499, Alonso de Ojeda, Juan de la Cosa y Américo Vespucio, quienes acompañaban a Cristóbal Colón, fueron los primeros españoles reconocidos en la historia, que llegaron a tierras colombianas, recorriendo primero el territorio venezolano y posteriormente, entran por la Guajira. Esta fue la primera etapa de Colombia, la conquista de esa parte norte de las costas.
Segunda etapa: Gonzalo Jiménez de Quesada, a través del río Magadalena, recorrió grandes tramos en una expedición bastante compleja, acompañado de 200 hombres, con 60 caballos. Muchos murieron en recorrido. Se asegura que Jiménez de Quesada, fue “el verdadero conquistador de Colombia”.
Quesada llegó a Bocatá, nombre el que devino ‘Bogotá’, en el interior de Colombia, donde había infinidad de piedras preciosas. Después, los españoles le cambiaron su nombre indígena bautizaron la región como “Santa Fe”, la capital del “Nuevo Reino de Granada”. Estos conquistadores venían bajo las órdenes de la reina Isabel la Católica.
Tercera etapa:
En ésta nueva etapa, en la que ya el centro del país estaba casi totalmente dominado, aparece otro español de renombre, don Francisco César, quien se movilizó por San Sebastián de Urabá y la sierra de Abibe. Toda esa zona sur del país era su misión conquistarla, junto con Juan de Vadillo, quien dirigía las matanzas en el Cauca, en Cali y toda esa región, donde también estaba el comisionado de Belalcázar y Jorge Robledo.
Por otro lado, en 1542, Hernán Pérez de Quesada, el hermano de Gonzalo, atravesando Boyacá llegó a tierras casanareñas, para luego proseguir al valle de Sibundoy y Pasto. A Francisco Orellana le correspondió la zona del Amazonas.
Cuarta etapa:
Ya casi todo el territorio nacional estaba totalmente conquistado y aniquilado. Se habían fundado ciudades españolas en lo principales puntos indígenas como Santa Marta, Cartagena de Indias, Cali, Popayán, Bogotá, Pasto, Tunja, Pamplona, Ibagué, Barranquilla, Manizales, Medellín, Socorro, etc. Por provincias se dividió el país y en audiencias.
La Audiencia de Santa Fe, regía a las ciudades de Popayán, Santa Marta y Cartagena. Ene l año 1550, en Santa Fe se fundaron los primeros monasterios Dominicos y Franciscanos. Las catedrales eran erigidas encima de los templos indígenas, como la de Tunja, Cartagena, Duitama, entre otras. Al frente ubicaban la casa real de gobierno.
Aparte de ser robados y masacrados, los sobrevivientes fueron sometidos a las costumbres y al sistema social que implantaron los españoles. Y por si fuera poco, les obligaban a pagar insólitos y tremendos impuestos, que tiempo después el oidor Angulo ayudó a disminuir.
Fue cuando el rey Felipe II sintió amenazada su autoridad, cuando se suprimieron las famosas audiencias y se creó la presidencia de la república. Cada presidente gobernaba por siete años, pero luego, volvieron las audiencias y viceversa.
En el 1596, la presidencia quedó en manos de uno de los españoles más sangrientos de la historia, quien de apodo llevara el nombre de “doctor sangre”, don Francisco Sande. En las costas colombianas, como en Cartagena, también llegaron muchos piratas europeos de Francia e Inglaterra, como Drake en 1586.