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Vivió en la isla de Samos, Grecia, en el año 475 a.c. allí se desarrolló en sus primeros años.
De familia adinerada tuvo una extraordinaria formación intelectual y física en su juventud, lo que se tradujo en un aprendizaje durante toda su vida, pronto comenzó a estudiar teniendo entre sus maestros a Ferécides de Siros, Tales de Mileto y Anaximandro.
Entre las diversas biografías existe la de Jámblico, el cual afirma que Ferécides de Siro fue su gran preceptor, pero quien lo incorpora en el estudio de la matemática y la astronomía fue Tales de Mileto, a tal punto que viajó a Mileto para visitar a su maestro, y Tales le aconsejó visitar a Egipto para que profundiza en sus investigaciones.
Luego de varios años y de una vida de meditación pasa a Egipto donde estudió matemática, geometría, astronomía y los recónditos secretos de la muerte y la longevidad de los egipcios.
En esta etapa, Egipto es atacada por los persas al frente del ejército del Rey Cambises II, quien lo toma prisionero y lo lleva a Babilonia como un rehén, término que se usaba para caracterizar que podía ser comprada su libertad.
En Babilonia empieza a pernoctar con los llamados maggies, considerados como sacerdotes de un culto que tenían ceremonias sagradas y los sabios misterios de los dioses, que consistía en transmitir los conocimientos a través de la experiencia. También obtiene nociones de las ciencias matemáticas cultivadas por los babilonios.
Es harto conocido su inclinación a conocer personalmente los orígenes de sus planteamientos o conocimientos, visitó los templos y participó en discusiones con los sacerdotes, iniciándose en los ritos y creencias como el vegetarianismo y el secretismo que luego impondría a la sociedad que fundó en Italia. No hay claridad en las biografías de Pitágoras de cómo obtuvo su libertad de los Babilonios, según una fuente, pudo haber sido a la muerte de Cambises II en el 522 a. c.
Paso a Grecia en donde visitó a Delos, Esparta, Fliunte, Creta, para luego pasar a Crotona, ciudad muy apreciada por la práctica de la medicina, al sur de Italia. Es en esta ciudad donde puede fundar su escuela filosófica y religiosa logrando colocarse con muy buena reputación, atrayendo a considerables y numerosos partidarios, consigue colocarse al frente de la sociedad de Crotona.
Algunos relatos dicen que se casó con Téano de Crotona tuvieron una hija y un hijo. Su muerte es incierta, pero otros señalan que sucedió en al año 532 a. c. No obstante, en el 508 a. c. la Sociedad Pitagórica de Crotona fue asaltada violentamente logrando Pitágoras salvarse y escapar a Metaponto donde murió tiempo después.
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