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Se sabe muy poco sobre su infancia. Su lugar de nacimiento fue Santiago de Cali.[2] Estudió en Cali, luego en Popayán, y por último en Bogotá, entre 1848 y 1852, durante el gobierno de José Hilario López. Su padre era George Henry Isaacs, un judío inglés oriundo de Jamaica.
En su poesía, Isaacs evoca a Valle del Cauca como el espacio idílico en que transcurrió su infancia, y la marcha a Bogotá debió suponer para él un cambio difícil. Regresó a Cali en 1852.
En 1854, luchó en las campañas de Cauca contra la dictadura del general José María Melo, por 7 meses. Su familia atravesó por una difícil situación económica a causa de la guerra civil.
En 1856 se casó con Felisa González Umaña, quien contaba por entonces diecinueve años, y que le daría abundante descendencia y perseverancia para que se escudara de ellos.
Intentó dedicarse al comercio, sin mucho éxito, y probó suerte con la literatura. Sus primeros poemas, los cuales datan de los años 1859 a 1860; en la misma época, emprende la escritura de varios dramas históricos.
En 1860 tomó de nuevo las armas para combatir al general Tomás Cipriano de Mosquera, que se había levantado contra el gobierno central, y combatió en la batalla de Manizales.
En 1861 murió su padre; terminada la guerra, Isaacs regresó a Cali para encargarse de los negocios paternos, llenos de deudas. Tuvo que desprenderse de las haciendas "La Rita" y "La Manuelita". Sus desventuras económicas le llevaron en busca de abogados a Bogotá, donde encontró eco su actividad literaria. Leyó sus poemas a los miembros de la tertulia "El Mosaico", quienes decidieron costear su publicación (Poesías, 1864).
En 1864 supervisó los trabajos del camino de herradura entre Buenaventura y Cali. Durante el año en que desempeñó este trabajo, comenzó a escribir su novela María. En esta época, así mismo, debido a lo insalubre del clima, contrajo paludismo, enfermedad que lo conduciría a su deceso a los 58 años de edad.
Militó al principio en el Partido Conservador, pero después adhirió al liberalismo radical y, en 1870, fue nombrado cónsul general en Chile. A su regreso, intervino activamente en la política de Cauca, tanto como editor de periódicos como representando a su departamento en la Cámara de Representantes. Intervino de nuevo en las luchas políticas de 1876, en las que tomó de nuevo las armas. Fue expulsado de la Cámara de Representantes en 1879, a raíz de un incidente en que Isaacs, ante una sublevación conservadora, se proclamó jefe político y militar de Antioquia.
Tras este incidente, se retiró de la política, y publicó, en 1881, el primer canto de un extenso poema que no llegó a concluir, titulado Saulo. Nombrado secretario de la Comisión Científica, exploró el departamento de Magdalena, en el norte de Colombia, hallando importantes yacimientos de carbón, petróleo Los últimos años de su vida los pasó retirado en Ibagué (donde había dejado alojada su familia años antes), departamento de Tolima, proyectando una novela histórica que habría de ser su obra maestra y que jamás llegó a escribir. Murió en Ibagué el 17 de abril de 1895, siendo su última voluntad que su cadáver fuera enterrado en Medellín; no obstante, siempre expresó su amor por Cauca (su querido "país vallecaucano"): «¡Sí, mucho amo al Cauca, aunque es tan ingrato con sus propios hijos!».