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Apoyo a la causa protestante
En 1568, Isabel se sintió amenazada por la durísima represión del Duque de Alba en las revueltas protestantes en Holanda, así como por el ataque de Felipe II contra los barcos de los corsarios Francis Drake y John Hawkins. Mientras que sus consejeros, encabezados por Francis Walsingham, pedían a la reina que apoyara la causa protestante como ya había hecho años antes con el príncipe de Condé, ésta se inclinó por ordenar la captura de la flota de Indias en 1569.
Ese mismo año (1569) se producen dos levantamientos: la llamada Rebelión del Norte, liderada por nobles católicos de dicha zona, que esperaban contar con el apoyo de España contra Isabel, y la primera rebelión de Desmond contra el gobierno inglés en Irlanda, acaudillada por James Fitzmaurice Fitzgerald. Sin embargo, tanto el Duque de Alba como Felipe II eran reacios a intervenir en Inglaterra, dada la complicada situación en Holanda. Privados sus enemigos de apoyo exterior, Isabel pudo hacer frente a las rebeliones, aunque fue excomulgada por una bula papal de 1570, que exacerbó sus problemas con los católicos. Un año después el banquero florentino Ridolfí planeó asesinar a la reina y colocar a María Estuardo en el trono, con apoyo de España, para restaurar el catolicismo. El plan fue descubierto por Cecil, y los conspiradores fueron ejecutados. Entre ellos se encontraba el duque de Norfolk, primo de Isabel.
El endurecimiento de sus problemas con los católicos no impidió a Isabel inclinarse por una alianza con Francia como contrapeso a España, a pesar de la matanza de San Bartolomé de 1572. Llegó incluso a negociar su matrimonio con el futuro Enrique III, y tras la coronación de éste, con su hermano Francisco de Anjou, que falleció en 1584 antes de que la unión pudiera llevarse a cabo.
La presión sobre Isabel para que apoyara a los protestantes holandeses fue incrementándose, hasta que en 1577 el consejo real, incluyendo a Cecil, aprobó unánimemente el envío de una fuerza expedicionaria. La reina confirió el mando de dicha fuerza a Robert Dudley, conde de Leicester, pero cambió de opinión al año siguiente retirando su apoyo por su reticencia a entrar en un conflicto abierto con España.
En 1579, apoyándose en la bula de excomunión contra Isabel, James Fitzmaurice Fitzgerald lanzó la segunda rebelión de Desmond. Contaba con el apoyo del Papa, que envió tropas y dinero, y de Felipe II, que mandó un pequeño cuerpo expedicionario a Irlanda, aceptando ser coronado en lugar de Isabel cuando la revolución triunfara. Sin embargo, las tropas de la reina lograron contener progresivamente la rebelión, acabando con ella en 1583.
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