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Los Nematodos excretan desechos en forma de amonio, que difunde a través de la pared corporal. El sistema excretor carece de células en llama y de protonefridios. Unos pocos Nematodos carecen de cualquier sistema de excreción. La osmorregulación, la regulación iónica y, quizás, la excreción de otros desechos, se asocian generalmente con estructuras especializadas particulares: una célula o células glandulares excretoras (glándula ventral), sistema de canales excretores (conductos acuíferos), o ambos. Estos sistemas aparecen solamente en Nematodos y dentro del grupo constituyen los órganos más desarrollados. En ambos casos de trata de formaciones unicelulares. Cuando se presentan tanto sistema de canales como glándulas, comparten el mismo poro hacia el exterior.
La célula glandular excretora es grande, se encuentra a nivel de la unión de faringe con el intestino medio, protruye en el pseudocele y tiene un conducto en forma de cuello que desemboca medioventralmente en un poro. Su papel excretor es incierto, se han sugerido otras funciones, como secreción de matriz gelatinosa alrededor de los huevos, secreción de una cubierta de glicoproteínas sobre la cutícula y producción de exoenzimas para iniciar la digestión de los tejidos del hospedador. El órgano excretor de tipo glándula ventral se encuentra especialmente en formas de vida libre, así los Nematodos marinos suelen tener una simple célula excretora sacciforme con su cuello abierto hacia el poro excretor.
El sistema de canales excretores, sin cilios, se encuentra dentro de una célula, la célula más grande del cuerpo del animal, generalmente tiene forma de H alargada (célula en forma de H), los dos canales largos se sitúan en los cordones epidérmicos laterales y se unen por uno o varios canales situados en la barra transversal. Este sistema sirve especialmente para la regulación iónica. Del conducto transversal sale un conducto corto impar que desemboca en la superficie del cuerpo en un poro de la región faríngea. A veces el conducto se agranda y forma una ampolla que se llena y vacía rítmicamente. El sistema de canales que corren a lo largo de cordones laterales se encuentra en muchos parásitos y en especies del suelo. En algunos casos este tipo de sistema excretor presenta un par de glándulas cervicales.
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