Respuestas
Respuesta:
1.
Secuenciamos el material genómico presente en la muestra (puede ser una secuenciación masiva de todo, o una secuenciación dirigida a unas determinadas regiones).
2.
Curamos, alineamos y filtramos con el fin de obtener la información que precise el cliente.
3.
Identificamos y semi cuantificamos los microorganismos presentes, determinamos las cepas o analizamos los genes.
Tipos de análisis
Análisis DNA ribosómico 16s
En este caso se trata de datos obtenidos de una secuenciación dirigida. La zona secuenciada corresponde a las regiones variables de la región cromosómica que codifica para el DNA ribosómico 16s. Estas actúan a modo de “código de barras” que permite la identificación taxonómica de los microorganismos presentes en una muestra.
Tipificación multilocus de secuencias (MLST)
Esta técnica consiste en analizar las variantes (los alelos) presentes en determinados genes (los locus) que hay en las bacterias. Según qué alelos tengan se determinará la cepa a la que pertenece la bacteria.
Análisis de genes específicos
De manera muy parecida al análisis de MLST, pero en este caso, buscamos la presencia/ausencia de genes específicos y las variaciones que presenten estos (snps, indels...). Lo más común es el buscar genes de resistencia a antibióticos o microbicidas.
Explicación:
Respuesta:
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Secuenciamos el material genómico presente en la muestra (puede ser una secuenciación masiva de todo, o una secuenciación dirigida a unas determinadas regiones).
2.
Curamos, alineamos y filtramos con el fin de obtener la información que precise el cliente.
3.
Identificamos y semi cuantificamos los microorganismos presentes, determinamos las cepas o analizamos los genes.
Tipos de análisis
Análisis DNA ribosómico 16s
En este caso se trata de datos obtenidos de una secuenciación dirigida. La zona secuenciada corresponde a las regiones variables de la región cromosómica que codifica para el DNA ribosómico 16s. Estas actúan a modo de “código de barras” que permite la identificación taxonómica de los microorganismos presentes en una muestra.
Tipificación multilocus de secuencias (MLST)
Esta técnica consiste en analizar las variantes (los alelos) presentes en determinados genes (los locus) que hay en las bacterias. Según qué alelos tengan se determinará la cepa a la que pertenece la bacteria.
Análisis de genes específicos
De manera muy parecida al análisis de MLST, pero en este caso, buscamos la presencia/ausencia de genes específicos y las variaciones que presenten estos (snps, indels...). Lo más común es el buscar genes de resistencia a antibióticos o microbicidas.