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Sus antecedentes datan desde 1826, cuando el Gobierno de Don Andrés de Santa Cruz que presidía el Consejo de Gobierno, promulgó el D.S. 118 estableciendo un colegio de Ciencias en Lambayeque, el mismo que no funcionó por la desorganización administrativa, la guerra con Colombia y las continuas revoluciones que ensangrentado a nuestro país. A este caso se sumó las inundaciones por los desbordes del río Zañartu.
Frente a este panorama sombrío y adversidad surge la villa de Chiclayo y con su municipio inicia las gestiones para hacer realidad la existencia de un plantel de enseñanza secundaria, incluso proyecta arbitrar de los fondos necesarios y se compromete a refaccionar el antiguo local de los padres Franciscanos.
El Congreso Peruano con fecha 22 de Diciembre de 1832, expidió una Resolución Suprema, creando en la villa de Chiclayo un Plantel de segunda enseñanza el 17 de Enero, el gobierno del Mariscal gamarra, dispuso que se cumpliese la disposición del Congreso sin embargo, el Colegio de Ciencias creado no pudo iniciar sus labores por las mismas causas sucedidas a Lambayeque.
A pesar de esta nueva adversidad los Chiclayanos no desmayaron en su iniciativa de contar con un plantel de enseñanza, con fecha 15 de Abril de 1835, la villa de Chiclayo fue elevada a la categoría de “Ciudad Heroica” y el 18 de Abril del mismo año se le otorga el rango de Capital de Provincia por D.S. expedido por el Jefe Supremo del Perú, Felipe Santiago Salaverry.
Con fecha 21 de Diciembre de 1849 se expide una nueva Resolución Suprema asignando en el Presupuesto General de la República, la cantidad de mil seiscientos pesos para la dotación de dos cátedras en el colegio