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La guerra comenzó el 17 de octubre de 1899, cuando el ala belicista del Partido liberal se levantó contra el Gobierno conservador que en ese entonces tenía a Manuel Antonio Sanclemente en la Presidencia, acompañado de José Manuel Marroquín como vicepresidente.
Explicación:
Fue por que el ala belista se levanto contra el Gobierno conservador.
Causas
Ejército del gobierno en 1899.
Las elecciones presidenciales de 1898 se realizaron después de una campaña agitada por vientos de guerra. Desde marzo de 1897, a nombre de los liberales, Nicolás Esguerra había propuesto un frente nacional, con un ejecutivo plural de liberales y conservadores históricos que excluía del gobierno a los nacionalistas.12 Por su lado, el partido conservador se oponía continuamente a todo aquello que pudiese llegar a representar el gobierno de los nacionalistas; por ejemplo, declaraba en el acuerdo 3 del 17 de agosto de 1899: «1. Que en la actualidad no existe vínculo político ninguno entre el Gobierno, que es nacionalista y el Partido Conservador; y que, por el contrario, los miembros de esta comunidad son sistemáticamente alejados de la cosa pública...Acuerda 1. Declarar que el Gobierno actual, por su política y tendencias, no corresponde a los ideales, prácticas y aspiraciones del Partido Conservador».
Sanclemente, debido a problemas de salud, tuvo que delegar provisionalmente el poder al vicepresidente José Manuel Marroquín,13 esto fue aprovechado por los conservadores históricos ya que Marroquín era cercano a este bando.14 Los primeros actos de gobierno de Marroquín, en materia económica, sorprendieron a todos: los liberales lo aplaudieron y los nacionalistas se sintieron defraudados. Marroquín había comenzado a desmontar la política proteccionista de la Regeneración y a darle vía al libre cambio. Caro le envió mensajes de urgencia a Sanclemente para que viniera a posesionarse, generándose un vacío de poder que permitió que se dieran las condiciones para la guerra. Sanclemente asumió el poder en los primeros días de noviembre de 1898, poniendo fin, de esta forma, a los ochenta días de la administración Marroquín.
El vicepresidente Marroquín renunció acosado por las críticas de Caro el 20 de septiembre.
Las reformas políticas a favor del libre cambio que venían promoviendo los históricos y los liberales eran opuestas a los postulados nacionalistas de la Regeneración, por lo que no podía darse acuerdo alguno entre las agrupaciones. A su vez, en cuanto a la concepción del Estado, los postulados conservadores y liberales se oponían a los del Partido Nacional.
La guerra se inicia con el asalto de Bucaramanga por parte de liberales mal organizados, provocando la respuesta del gobierno central.
El 17 de octubre de 1899 oficialmente se desató la Guerra de los Mil Días cuando el líder liberal Pablo Emilio Villar inició la confrontación en un improvisado ataque en Bucaramanga, en la que los liberales perdieron contra las tropas del gobierno de Sanclemente.
La Guerra de los Mil Días fue un conflicto civil de Colombia disputado entre el 17 de octubre de 1899 y el 21 de noviembre de 1902, en un principio entre el Partido Liberal y el gobierno del Partido Nacional en cabeza del presidente Manuel Antonio Sanclemente, quien fue derrocado el 31 de julio de 1900 por José Manuel Marroquín Ricaurte, representante del Partido Conservador, en alianza con el liberal Aquileo Parra;7 a partir de entonces, y a pesar de dicha alianza, la guerra continuaría entre liberales y conservadores históricos. Esta guerra se caracterizó por un enfrentamiento irregular entre el ejército gubernamental bien organizado y un ejército de guerrillas liberales mal entrenado y anárquico.8
El conflicto tuvo como resultado la victoria del Partido Conservador, la devastación económica de la nación, más de cien mil muertos, la desaparición del Partido Nacional y el estado en que quedó el país tras el conflicto se constituyó en la cima para que se diesen algunas de las condiciones necesarias para la posterior separación de Panamá (que en ese entonces era uno de los departamentos de Colombia) en noviembre de 1903. El brusco cambio provocado por la derogación de la Constitución de Rionegro de 1863 (que reforzó el modelo federal) por la centralista Constitución de 1886 (establecida bajo el mandato de Rafael Núñez), además de los violentos intentos de cooptación de los conservadores históricos a través de Marroquín, como los intereses liberales de retomar el poder, fueron las principales causas de la guerra.
Se trató de un conflicto internacional que se extendió parcialmente a países vecinos como Ecuador y Venezuela, en los cuales se libraron batallas entre fuerzas colombianas y ecuatorianas y/o venezolanas que apoyaban a los actores colombianos en conflicto. Otras naciones como Guatemala, El Salvador y Nicaragua apoyaron a los liberales y a los conservadores con armamento y suministros.910 Estados Unidos también intervino en acciones bélicas en Panamá, donde una flota norteamericana garantizaba la seguridad del istmo desde el tratado Mallarino-Bidlack de 1846.