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Obando nació el 8 de agosto de 1795 en Güengüé, entre las haciendas Quebradaseca y García.Era hijo ilegítimo de Joseph de Iragorri y Ana María Lemos,dos jóvenes de la aristocracia local.Fue bautizado como José María Ramón Iragorri Crespo mas la Iglesia católica hizo presión para que no lo criara una madre soltera.Fue adoptado a los dos años por los ricos comerciantes pastusos avecindados en Popayán y que le dieron sus apellidos, Juan Luis Obando del Castillo y Frías y María Agustina del Campo y López,profundos realistas que al estallar la revolución en 1811 se refugiaron en Pasto. Por cuanto se uniera a los ejércitos realistas como capitán.
Obando se casó con Dolores Espinosa de los Monteros, con quien tuvo seis hijos (Cornelia Juana, Simón José Bernabé, José María Eugenio, Micaela, José Dolores) antes de fallecer en el parto del último de ellos. En 1836 se casó por segundas nupcias con Timotea Carvajal Marulanda, con quien tuvo otros cinco hijos