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En este período, podemos distinguir a grosso modo dos etapas; la inicial, cuando los religiosos, aprovechando las habilidades artísticas de los indígenas, las utilizaron para acelerar su inculturación, de manera que Fray Pedro de Gante estableció la primera escuela de música en 1524, en Texcoco, donde también se puso la primera escuela para indígenas, la cual comprendía alfabetización y catecismo. La escuela de música fue trasladada a la Ciudad de México poco después.
La música, en el siglo XVII, (entre de 1700 a 1800), fue determinada por músicos que llegaron de Europa, promoviendo formas musicales como el motete, el madrigal, y el estilo barroco, prevaleciente en esa época.
Algunos de estos compositores, que escribieron música de gran belleza fueron; Manuel de Sumaya, José Manuel Aldana, Hernando Franco, Antonio de Salazar, José Gutiérrez de Padilla y Juan Antonio Vargas y Guzmán.
Como dice el investigador Julio Estrada de la la UNAM en su libro La música de México: “El periodo virreinal muestra, ante la historia de nuestra música y ante la historia de la música universal, uno de los procesos más extraordinarios para la imaginación, en el que, de forma sorpresiva e inesperada, una cultura ha de adaptarse a otra a través de la expresión íntima que el arte musical requiere. La evolución constante de ese proceso, nacido de un choque brutal, va a descubrirnos de forma gradual el resultado de un mestizaje cuyos frutos van a ser expresados en un nivel de excelencia musical”.