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El microscopio fue inventado en el año 1610 por Zacharias Janssen aunque no es seguro si fue fue Galileo Galilei el verdadero inventor.
Este primer instrumento era un microscopio óptico en el que gracias a la refracción podía obtener un gran aumento gracias a dos lentes.
A mediados del siglo XVI, Anton van Leeuwenhoek será quien describa protozoos, glóbulos rojos, bacterias y espermatozoides gracias a microscopios que él mismo construía tallando pequeñas esferas de cristal que no superaban el milímetro de diámetro.
Gracias a este invento Robert Hooke logró observar en el año 1665 un pequeño trozo de corcho y observó que este era poroso y que cada cavidad formaba una especie de pequeñas celdas. Esta fue la primera vez que se observaron células muertas. Tiempo más tarde Marcello Malpighi será quien estudie por primera vez tejidos vivos en microscopio.
Ya en el siglo XIX, comienzan a fabricarse microscopios acromáticos que mejorarán notablemente las imágenes obtenidas.
En el año 1931, Max Knoll y Ernst Ruska desarrollaron el primer microscopio electrónico de transmisión con el que se consigue aumentos de 100.000X. Recién en el año 1942 se crea el microscopio electrónico de barrido