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•Desde los Siglos XVI, XVII, XVIII y XIX: El primero, el local del Convento de Nuestra Señora del Rosario de la Orden de los Dominicos; el segundo, cerca de los extramuros de San Marcelo, donde poco antes había funcionado el Convento de la Orden de San Agustín; el tercero —desde 1575— en la primitiva "Plaza del Estanque", después llamada de la Inquisición, actual local del Congreso del Perú.
• Desde los Siglos XIX y XX: En la segunda mitad del siglo XIX: se traslada al local del antiguo "Convictorio de San Carlos" —residencia sanmarquina en aquel entonces—, hoy en día en dicho histórico local funciona el Centro Cultural de la Universidad de San Marcos. Del mismo modo, a fines del siglo XIX la Facultad de Medicina "San Fernando" se traslada a su local definitivo en la actual Avenida Grau.
• Desde los Siglos XX y XXI: Desde mediados de la década de 1960, durante el gobierno de Manuel Prado, la universidad empieza a ocupar la actual "Ciudad Universitaria", ubicada entre la Avenida Venezuela y la Avenida Universitaria. En ella se ubican actualmente el rectorado, la biblioteca central y 17 de las 20 facultades de la universidad .