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Existen proteínas que funcionan como bombas, por ejemplo la bomba de protones en las células parietales del estómago las cuales son enzimas dependientes de ATP que tienen como función llevar iones H desde el citoplasma hasta la luz del estómago para que estos se unan con el cloro y así formar HCl, componente del jugo gástrico.
Otro ejemplo es la bomba Na/K que es también una proteína dependiente de ATP que lleva iones Na hacia el exterior del axón neuronal e introduce K, lo cual ayuda a mantener un ambiente electroquímico de solutos, con alta concentración de Na al exterior y alta concentración de K en el interior del axón.
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