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El conflicto bélico de carácter civil colombiano conocido como Guerra de los Mil Días, acaecido entre 17 de octubre de 1899 y el 21 de noviembre de 1902, tuvo como causa principal el enfrentamiento político entre el Partido Nacional, al frente del poder ejecutivo en ese momento, y el Partido Liberal. También, de forma relativamente velada al principio de la confrontación, el Partido Conservador fue un contendiente activo. Esta tríada de actores, con intereses sectarios y personales variopintos, generaron vacío de poder, desconocimiento a las instituciones de la república y un consecuente estado de anarquía generalizada. De la mano con la realidad política, la situación económica del país no era menos calamitosa como resultado de los conflictos armados civiles que le antecedieron. La producción, principalmente agrícola y pecuaria, se encontraba casi totalmente desarticulada, en mínimos.
Estas condiciones constituyeron el contexto ideal para la secesión definitiva de Panamá, hasta entonces perteneciente a la república. Estados Unidos jugó un papel fundamental en esa acción.