Respuestas
El método científico presupone el naturalismo y/o el materialismo debido a que este depende de las pruebas y la repetición, cosas que necesariamente están enfocadas sólo en el mundo material. El naturalismo es la creencia de que el mundo puede ser entendido en términos científicos. El materialismo es la creencia de que la materia y la energía es todo lo que existe.
Si estos supuestos son sostenidos, entonces, por definición, Dios no puede ser conocido y debe ser excusado del dominio del conocimiento así establecido por el método científico. Si los científicos y los creyentes en la suficiencia del método científico mantuvieran sus preguntas de teología fuera del cuadro, entonces, esto estaría bien. Pero ellos no lo están. Ellos promuevan la evolución como la verdad de cómo el hombre llegó aquí y con frecuencia declaran que creer en Dios es irracional debido a que este no puede ser probado por el método científico. Pero esto equivaldría a usar un par de gafas rojas y proclamar que el verde no existe debido a que todas las pruebas que se hicieron usando las gafas rojas no muestran el color verde. Claro está que el problema, es que cuando un supuesto filosófico es hecho por medio de lo que el conocimiento y la verdad son juzgados, lo que es aprendido es limitado a esas suposiciones; especialmente si esos supuestos son el naturalismo y el materialismo.