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Nació el 10 de noviembre de 1483 en Eisleben.
La familia llevó su apellido en diferentes variantes: Lüder, Luder, Loder, Ludher, Lotter, Lutter o Lauther.
Su padre Hans (1459-1530) y su esposa Margarethe, de soltera Lindemann (1459-1531), fueron agricultores y propietarios de minas. Se cree que fue el primer o segundo hijo de probablemente nueve hermanos. Se crio en la cercana Mansfeld.
Cursó estudios en la escuela latina en Mansfeld desde 1488, y después en Magdeburgo, luego en Eisenach. En 1501, estudió en Erfurt con la intención de hacerse abogado. Se doctoró cuatro años después.
Ingresó en el monasterio de los agustinos de Erfurt. En 1506 profesó como monje y un año más tarde se ordenó sacerdote. En 1509 se licenció en teología y volvió a Erfurt.
En 1510, viajó a Roma en representación de siete monasterios agustinos. La mundanidad del clero romano lo indignó. En 1512 se doctoró y asumió la cátedra de teología bíblica hasta su fallecimiento.
El 31 de octubre de 1517, se convirtió en una figura pública al exponer en la puerta de la iglesia de Todos los Santos de Wittenberg sus 95 tesis o proposiciones, escritas en latín contra la venta de indulgencias para la gran obra de los papas Julio II y León X: la construcción de la basílica de San Pedro en Roma. Rápidamente traducidas al alemán, consiguieron una amplia difusión.
Defendía sus opiniones en debates universitarios en Wittenberg y en otras ciudades, por lo que fue investigado por la Iglesia romana, determinando la condena del papa León X (15 de junio de 1520) de sus enseñanzas y su excomunión en enero de 1521.
En abril de ese año, fue convocado ante el emperador Carlos V en la Dieta de Worms, pidiéndosele que se retractase ante las autoridades seculares y eclesiásticas allí reunidas. Se negó asegurando que para hacerlo tendrían que convencerlo con las Escrituras y la razón. El emperador lo condenó, pero el elector Federico el Sabio lo recluyó en su castillo (Wartburg), donde emprendió su traducción del Nuevo Testamento del original griego al alemán.
Los desórdenes provocados en Wittenberg por sus seguidores le obligaron a volver a la ciudad en marzo de 1521. Se vio implicado en la guerra de los campesinos (1524-1526).
Tomás Munzer (fundador de la secta de los anabaptistas) basaba sus demandas en los escritos de Lutero y aunque este apoyó muchas de sus aspiraciones políticas, consideró falsos sus argumentos teológicos. Tomó una postura totalmente contraria a los campesinos. A pesar de que las peticiones de estos eran de sentido común: derecho a coger leña de los bosques, abolición de la servidumbre, reducción de los impuestos, cese de los castigos arbitrarios, etc. Se puso del lado de las autoridades escribiendo un duro alegato Contra las hordas asesinas y ladronas de campesinos.
Contrajo matrimonio el 27 de junio de 1525 con Catalina de Bora, una antigua monja que se convirtió en su colaboradora. Lutero tuvo con ella tres hijas y tres hijos nacidos en Wittenberg: Johannes (1526-1575), Elisabeth (1527-1528), Magdalena (1529-1542), Martin (1531-1565), Paul (1533-1593) y Margarete (1534-1570).
Después de articular su teología básica en sus primeros escritos —De la libertad cristiana (1519), A la nobleza cristiana de la nación alemana (1520), El cautiverio babilónico de la Iglesia (1520), De la esclavitud del arbitrio (1525)— publicó su libro más famoso, Pequeño catecismo (1529) donde expone la teología de la Reforma evangélica comentando brevemente, en forma de preguntas y respuestas, los Diez Mandamientos, el Credo apostólico, el Padrenuestro, el Bautismo y la Eucaristía.