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Su interés por las ciencias naturales lo impulsó a incorporase como naturista de la expedición, al periplo alrededor del mundo del H.M.S. Beagle (1831-1836), al mando Robett Fitzroy, esto lo llevó a realizar un viaje por América del Sur, Australia, Islas del pacífico, Sur África y Nueva Zelanda.
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Durante estos viajes recolectó una gran cantidad de material y realizó minuciosas observaciones que más adelante al momento de regresar le permitieron realizar la bien conocida “Teoría de la evolución” la cual comenzó a adquirir forma en 1837 y que se vería luego de dos décadas.
Gracias a que esta teoría creada, sus investigaciones fueron reconocidas en todo el mundo, además de ello, esto le permitió confirmar la teoría uniformista que fue creada por Clarles Lyell.
Así mismo, otro de los aportes a la biología de Charles Darwin fue que formuló la teoría acerca a la formación de los arrecifes coralinos. Uno de los estudios más importantes que realizó fueron los efectuados en las islas Galápagos la cual trataba sobre la diversidad de pinzones de aquellas latitudes, todos estos muy bien adaptados a los diferentes nichos ecológicos existentes.
El ensayo sobre el principio de la población lo inspiró para crear el desarrollo de la concepción básica de la teoría de la selección natural, la cual estuvo destinada a convertirse en uno de los paradigmas principales de la biología moderna.
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