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El aparato digestivo del conejo está conformado por la boca que tiene incisivos largos bien afilados para cortar los alimentos para luego ser triturados por los molares. El estómago, donde se mezclan los alimentos con los jugos digestivos gástricos y empieza la digestión nunca se encuentra completamente vado, sino lleno hasta más de la mitad porque como carece de músculos para las contracciones que impulsan el contenido gástrico, la evacuación es lenta y ayudada por las capas musculares del píloro.El transporte de los alimentos dentro del estómago se realiza así: la ración ingerida empuja hacia el píloro el contenido gástrico que se encuentra en el y en la zona pilórica se desarrollan fuerzas musculares que impulsan el alimento parcialmente digerido hacia el duodeno. Esta particularidad permite al conejo comer con más frecuencia (70 a 80 comidas/día) pero en porciones pequeñas.En el intestino delgado se completa la digestión y se inicia la absorción de los nutrientes, en el ciego el alimento y la fibra es sometida al proceso de digestión bacteriana que contribuye a una ligera digestión de la celulosa dando origen a ácidos grasos (Acetato) y amoníaco que es transformado en aminoácidos. El conejo tiene un apéndice ciego..En el intestino grueso se reabsorbe el agua y continúa la absorción de nutrientes y finalmente los alimentos son excretados por el ano.El sistema digestivo del conejo (Monogástrico) se caracteriza por el jugo gástrico muy ácido y tener el ciego muy desarrollado. El alimento se digiere parcialmente en el estómago antes de pasar al intestino delgado donde se efectúa la actividad digestiva más intensa por acción de las enzimas del jugo gástrico, del ácido clorhídrico, de secreciones intestinales, del jugo pancreático y de la bilis. La ingesta llega al ciego donde permanece aproximadamente 12 horas, allí se digiere la mayor parte de la fibra por acción de las bacterias que digieren el alimento contribuyendo a la síntesis de amino ácidos y vitaminas. La masa alimenticia toma forma de bolitas húmedas y blandas (contienen 30% de proteína y son ricas en vitaminas del grupo B y Ácido Pantoténico) formadas unas seis horas después de la última comida o hacia la media noche.
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