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Básicamente, la autotomía la utilizan ciertos animales para escapar de predadores, por ejemplo. Se trata de la mutilación de su propio cuerpo como estrategia de defensa. El órgano automutilado vuelve a crecer.
La fragmentación, en cambio, se da como método de reproducción asexual por la cual el organismo se divide en dos o más y esos trozos reconstruyen un organismo por completo.
El ejemplo del primer caso puede ser la cola de una lagartija que se corta y vuelve a crecer solo la cola. En cambio, si un gusano se divide en dos se convierte en dos gusanos.
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