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Hoy en día, las toxinas se pueden clasificar, de acuerdo a su naturaleza química, en toxinas proteicas y toxinas glúcido-lípido-polipeptídicas.
Las toxinas proteicas. Se conocen desde hace varios años gracias a los trabajos de Roux y de Yersin (1888) y de varios investigadores más.
Roux demostró que el bacilo diftérico segrega un veneno que por sí solo puede reproducir la enfermedad en un cobayo. Esta toxina diftérica es verdaderamente segregada en el medio externo. Otras toxinas proteicas se hallan al mismo tiempo en el cuerpo microbiano y en el medio ambiente. Y ciertas toxinas proteicas permanecen fuertemente ligadas a los cuerpos microbianos.
Pillemer y Eaton estudiaron de manera especial la estructura de las toxinas tetánica y diftérica. Estas toxinas son solubles en agua y generalmente termolábiles; el calor, la luz y el envejecimiento las afectan. Los ácidos y las bases las destruyen y el formol las transforman en un nuevo producto, llamado anatoxina por el veterinario y biólogo francés Gaston Ramon, en 1923. Este producto es absolutamente inofensivo, pero conserva íntegramente el poder floculante y la actividad inmunizante de la toxina. (Burdin & de Lavergne, 1980)7