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IMPERIO BIZANTINO Y EDAD MEDIA
En este período Atenas no tuvo ningún trato preferencial y los principales monumentos de la ciudad, incluyendo el Partenón, fueron usados como iglesias.
Entre los siglos VI y IX Atenas sufrió invasiones y saqueos por parte de los eslavos y los sarracenos. Durante la invasión turca del 1071 la ciudad no fue tomada y, tras la expulsión de los turcos, tanto Atenas como el resto de las ciudades griegas del Ática tuvieron un período de crecimiento, aunque siempre como parte del Imperio.
En los siglos XI y XII se reconstruyeron muchos edificios destruidos, entre ellos el Ágora. Atenas comenzó a desarrollar un comercio propio y se transformó en un centro productor de jabones y tintes. La ciudad prosperó gracias al comercio con Venecia y otras ciudades portuarias.
La bonanza duró hasta el 1204, cuando la Cuarta Cruzada conquistó la ciudad, saqueó Constantinopla (capital del Imperio Bizantino) y coronó al rey del nuevo Imperio Latino de Constantinopla.
DUCADO DE ATENAS
En 1205 Atenas fue convertida en "Ducado" y uno de los estados vasallos del Imperio Latino. Durante un tiempo la ciudad creció y prosperó como centro cortesano, y la Acrópolis fue usada como palacio del duque.
Tropas españolas tomaron el sur de Tesalia en el 1318 y crearon el Ducado de Neopatria, que fue anexado a Atenas. A la muerte del duque gobernante en ese momento, el rey Federico III de Sicilia, el ducado pasó a su hija María y luego a Leonor de Sicilia, esposa de Pedro IV de Aragón.
En 1385 el ducado fue conquistado por los florentinos y quedó en su poder hasta la llegada de la invasión de los turcos otomanos.
IMPERIO OTOMANO
Desde 1397 los turcos trataban de conquistar Atenas. En 1415, con parte de la península ocupada por los otomanos, Atenas comenzó a pagar tributo a este imperio. Tras la guerra civil que enfrentó a dos grupos de otomanos, Atenas fue tomada por el sultán Mehmed II en 1458.
Mehmed II impidió la destrucción de cualquier edificio o monumento de Atenas y convirtió el Partenón en mezquita. Mehmed no permaneció en la ciudad. Diversos colaboradores suyos y hasta concubinas fueron nombrados sucesivamente administradores.
Muchos griegos emigraron hacia las islas y las montañas, que no estaban controladas por los otomanos. La emigración de los intelectuales griegos se produjo, principalmente, hacia Occidente. Atenas y las otras ciudades griegas comenzaron a decaer.
El siglo XVII marcó el comienzo de la decadencia del Imperio Otomano, acosado por la Liga Santa (Polonia-Lituania), venecianos y rusos. En 1683 una explosión en un polvorín ubicado en la Acrópolis destruyó los Propíleos. En 1687 Atenas fue asediada por los venecianos y los turcos usaron partes del templo de Atenea Niképara reforzar el Partenón. Sin embargo, éste no pudo salvarse de la destrucción, ya que una bomba hizo explotar un polvorín allí ubicado. Lo que quedó del Partenón es lo que vemos en la actualidad. Muchos otros edificios y templos fueron destruidos o desmantelados.
GUERRA DE INDEPENDENCIA
En 1821 el movimiento nacionalista griego logró organizar un alzamiento contra la ocupación turca que culminó con la proclamación de independencia. Los interés geopolíticos y económicos de Inglaterra, Rusia y Austria impidieron que esta independencia se consolidara y los turcos reconquistaron el Peloponeso en 1825. Atenas cayó en 1827.
Debido a la presión de la opinión pública, Francia, Gran Bretaña y Rusia firmaron ese mismo año un acuerdo por el que reconocían la autonomía de Grecia, que seguía siendo parte del Imperio Otomano. Estos países intervinieron militarmente y finalmente vencieron a los turcos en la Batalla de Navarino, en octubre del mismo año. Los turcos fueron obligados a aceptar las condiciones que estos países impusieron. Permanecieron en control de la ciudad hasta 1833, cuando la abandonaron.