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En 1531 el Imperio Inca sufrió la llegada de Francisco Pizarro, fundador de la ciudad de Lima, que se convertiría en la capital del Virreinato del Perú, donde durante la Colonia, millones de indígenas fueron explotados, especialmente en las Minas de Plata. Como hito de la resistencia indígena, la esclavitud provocó el levantamiento de miles de indígenas contra la corona española, conducidos por Tupac Amaru en 1780 [1].
Con la independencia proclamada en 1821, la condición de las poblaciones indígenas no mejoró demasiado, y los diversos gobiernos del siglo XIX no desarrollaron políticas favorables a los indígenas. La emigración espontánea y planificada por el Estado, hacia la vertiente amazónica de la Cordillera de los Andes generó conflictos y redujo a los indígenas amazónicos a pequeñas “islas” rodeadas de colonos.
En 1920, la Constitución Nacional reconoció a las comunidades indígenas, y su derecho a la tierra. Cincuenta años después, en 1969, el presidente Juan Velasco Alvarado llevó adelante una Reforma Agraria en la que se crea la figura de Comunidades Campesinas en los Andes y la de Comunidades Nativas en la Amazonía, sin usar en ninguno de los casos la denominación de indígena porque era considerado peyorativo y estigmatizador en ese entonces. La sanción de la Ley de Comunidades Nativas y Campesinas en 1974, puso un freno al avasallamiento de los indígenas por los colonos, y los patrones de las rancherías que explotaban recursos no maderables como el caucho, empleando a los indígenas como peones.