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Uno de los aportes realizados por Noam Chomsky a la lingüística es su "Teoría del origen del lenguaje".
Ésta se apoya en la homogeneidad del genoma humano, lo que explica el desarrollo lingüístico de los niños solamente por exposición a la lengua, sin ningún tipo de instrucción. Esta homogeneidad se explica, según los datos de la paleontología y la genética comparada, por lo reciente del proceso de hominización ya que la variación genética ha sido mínima en los últimos doscientos mil años. No ha habido ningún cambio evolutivo significativo en la capacidad del lenguaje desde que un pequeño grupo de nuestros ancestros dejaron Africa alrededor de hace cincuenta o sesenta mil años. De hecho esas mismas migraciones terminaron también en Nueva Guinea y Australia, donde los “pueblos primitivos” que allí habitan son semejantes a nosotros a todos los niveles, sin diferencia cognitiva alguna. Anteriormente no hay evidencia indirecta alguna del lenguaje, así que en este cortísimo tiempo en términos evolutivos (incluso si el límite superior se anticipara unos cientos de miles de años) parece haber ocurrido una explosión repentina de actividad creadora, compleja organización social, actividad simbólica y artística y anotaciones sobre sucesos astronómicos y meteorológicos, indicadores coetáneos de la aparición del lenguaje.
Según Chomsky, dicha actividad pudo responder a un big bang cognitivo resultado de una reorganización de los circuitos neuro-cerebrales de nuestros antecesores en la que algún principio natural inespecífico de eficacia computacional interaccionaría con una pequeña mutación genética dando lugar a la Gramática Universal (capacidad innata para el lenguaje). Su programa científico investiga si los principios del lenguaje son en realidad el resultado de aplicar unos principios generales de computación, comunes incluso a otras especies, a esa mutación capacitadora de enumeración recursiva, transición de lo finito a lo infinito al tomar dos objetos mentales y dar lugar a uno nuevo en un proceso recursivo ilimitado, y en cuyo origen puede estar también el de las matemáticas. A dicha transición no se puede llegar, según Chomsky, a base de pequeñas y progresivas adaptaciones dictadas por la selección natural sino que supone un salto brusco.
Según su hipótesis “saltacionista” de la evolución del lenguaje, esa mutación se dio en una sola persona con una serie de categorías mentales susceptibles de ser explotadas por la lengua. La evolución a millones de años vista, aboca a una gran complejidad (por ejemplo, el desarrollo de los miembros locomotores), mientras que un salto repentino de este estilo tiende a dar lugar a una sencilla solución de los problemas de diseño impuestos por el ambiente y las estructuras morfo-anatómicas para la percepción y producción de la lengua, que no han cambiado en cientos de miles de años (incluido el aparato fonador). Ese pequeño cambio en el cerebro permitió que el lenguaje floreciera de repente y, al poco, los humanos partieron del continente africano, con un pequeño grupo que desarrolló este sistema con ventaja evolutiva, probable nueva especialización de otras capacidades cognitivas y cuyas reglas y constituyentes no están sujetos a introspección sicológica.