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Su nombre proviene del nahualt huexolt: sauz y tzingo : diminuto lo que significa “saucito”
La fundación de Huejotzingo se debe a los grupos étnicos olmecas- xicalacas y toltecas-chichimecas que en las crónicas son mencionados con diferentes nombres. Se establecieron en comunidades en las faldas del iztaccihualt, formando un señorío. El señorío de Huejotzingo, tuvo su época de oro en los siglos XIII y XIV. Por su gran entrega los huejotzincas llegaron a dominar Cholula y controlar a los tlaxcaltecas. En el siglo XV lo sometieron los aztecas y cuando llegaron los españoles en 1519, los huejotzincas se unieron a Cortés.
Se cree que Nezahualcóyotl, el rey poeta de Texcoco, se ocultó en este lugar cuando fue perseguido por los tepanecas.
En 1525 los franciscanos empezarón la construcción del convento cuando la ciudad se encontraba en San Juan Loma. En ese mismo año fray Juan de Alameda trasladó a la población a su lugar actual y el convento fue demolido para usar sus piedras en la construcción del nuevo que tampoco duró. Entre 1544 y 1570 se construyo un tercero que es el actual convento de San Miguel.
Al poblarse Huejotzingo , las primeras construcciones que se hicieron en el lugar independientemente del convento, fueron los portales , el palacio de gobierno y se instalo la industria textil.
Más tarde este lugar participo por la lucha de independencia, dirigidos o capitaneados por el insurgente Francisco Avendaño, fue fusilado por el realista Hevia en la plazuela de San José, en la ciudad de Puebla, en 1813..
El 20 de agosto de 1861, el capitán de Guardias Nacionales don Ignacio Nieva cayó combatiendo contra el reaccionario Ordóñez, en Texmelucan. El 31 de agosto del mismo año por ordenes del gobierno del estado se establece el nombre de Huejotzingo de Nieva, para honrar la memoria del republicano Ignacio de Nieva.