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La relación entre la Iglesia católica y el Estado argentino (1943-1955) es un tema que atrajo el interés de los historiadores por la peculiar articulación del peronismo histórico a la tradición católica así como por el salto desde la estrecha asociación que venía desde 1943 al conflicto radical de 1955.1 La vinculación de la Iglesia con el gobierno militar surgido del golpe de Estado del 4 de junio de 1943 se inició bajo los mejores augurios y "por primera vez en la historia contemporánea, una masa de cuadros del Estado provenía de la Iglesia. Y estos no solo eran católicos de nota: había también numerosos militantes medios de la Acción Católica (...) y no faltaban miembros del credo, como el capellán Wilkinson, ideólogo del G.O.U. y figura omnipresente en los primeros tramos del gobierno de facto."2 Estas designaciones hicieron posible la concreción de su viejo anhelo del establecimiento de la enseñanza religiosa en las escuelas públicas. Esta buena relación continuó incluso a pesar de que las decisiones del gobierno de romper relaciones con el Eje primero y declararle la guerra después podían no coincidir con los deseos de la Iglesia.
En el documento que dio a conocer con motivo de las elecciones de 1946 la Iglesia se pronunció inequívocamente contra la Unión Democrática, una coalición de partidos que era la principal rival de la que apoyaba la candidatura del general Juan Domingo Perón, quien aparecía como el continuador del gobierno militar y resultó elegido Presidente. Las relaciones siguieron afianzándose durante su gobierno hasta una época que los historiadores sitúan alrededor de 1950 en que se inició un período de paulatino enfriamiento hasta llegar en 1954 a una situación de abierto conflicto que se fue agudizando a medida que las partes asumían posiciones más duras y ejecutaban acciones más controversiales y terminó por constituirse en un factor importante en el derrocamiento del gobierno por un golpe de Estado el 16 de septiembre de 1955. Sobre esta última etapa se ha señalado que "no existe otro período de la historia de la Iglesia argentina que en los últimos años haya concitado tanta atención por parte de los historiadores como el conflicto desatado con el gobierno de Perón a partir de 1954."3
El análisis de ese conflicto -que incluyó detenciones y expulsiones de sacerdotes, modificaciones sustanciales de la legislación, quema de iglesias, declaraciones políticas desde el púlpito, excomunión de Perón, colaboración de sectores católicos y opositores- ha llevado a diferentes intentos de explicación que se encuentran en muchos casos influenciados por las posiciones ideológicas de los analistas y por las proyecciones que aquellos hechos tuvieron en la historia argentina posterior.
Se han expuesto diversos factores que pudieron gravitar en el conflicto: discursos peronistas que incursionaban acerca de cuál era el "verdadero cristianismo" y cuáles las desviaciones en que incurrían hombres de la Iglesia, una presunta decepción de la Iglesia al no ver plasmadas en la reforma constitucional de 1949 las medidas favorables a sus intereses que esperaban, el descontento de la Iglesia católica por lo que consideraba inacción del gobierno ante la actividad de otras iglesias como las espiritistas y evangélicas, la labor de la Fundación Eva Perón opacando a las organizaciones privadas que anteriormente se dedicaban a la beneficencia en estrecho contacto con la Iglesia, la percepción por sectores de la Iglesia de los homenajes a Evita como un endiosamiento con connotaciones religiosas, la creación del Partido Demócrata Cristiano en la que algunos peronistas veían un intento apoyado desde el exterior para restarle poder en el campo político, la influencia sobre Perón de funcionarios considerados anticlericales y masones, la creación por el gobierno de la Unión de Estudiantes Secundarios en la que muchos veían un foco de corrupción moral y, en el mejor de los casos, un intento de captación de la juventud en desmedro de las organizaciones católicas.
Al estallido mismo del conflicto, finalmente, se lo ha explicado como el final inevitable por la incapacidad de la Iglesia católica de convivir con cualquier tipo de poder estatal que pretendiera un mínimo de autonomía (Zanatta); por la intención del peronismo de construir una iglesia nacional (Bosca); por la concepción totalitaria del peronismo pretendiendo un férreo monopolio de lo simbólico, que chocaba con el catolicismo (Plotkin); en la competencia entre dos modelos por naturaleza antitéticos de sociedad, uno de ellos construido por la Iglesia y el otro por el propio peronismo (Bianchi y Leonardo Paso) o en la consecuencia de un proceso de gran polarización impulsado por el gobierno que produjo reacomodamientos en la sociedad en general y conflictos en las filas católicas, y ocasionó que ciertos episodios adquirieran una nueva significación al quedar necesariamente encuadrados en la antinomia peronismo-antiperonismo.