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Uno de los temas más evidentes en la crisis de DD.HH. en el departamento es la presencia de grupos armados ilegales como el Eln y Clan del Golfo. Esto implica que existen economías ilícitas que ocasionan extorsiones y tráfico de droga, además, se encuentran en los territorios, por causa de estas estructuras, minas antipersonales y otros problemas, como el reclutamiento a menores de edad, presiones a la comunidad, se manifiestan.
“(Estos grupos) programan arbitrariamente actividades deportivas y eventos culturales en los territorios y obstaculizan a las comunidades en la realización de sus labores tradicionales. En el presente año se han presentado varios desplazamientos forzados masivos, bloqueos económicos, ocupación de escuelas y casas comunitarias, intimidación, secuestros, confinamiento, asesinatos a líderes y amenazas, tal como lo han denunciado las organizaciones étnicoterritoriales, la Iglesia Católica, la Defensoría del Pueblo, la ONU, Human Rights Watch y Amnistía Internacional”