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La escuela primaria la hizo en el Grupo Escolar ‘‘José Dolores Larreynaga’’, de Quezaltepeque. El plan básico y el bachillerato, que así se llamaban en aquella época, los cursó en el Instituto Nacional General Francisco Menéndez, el INFRAMEN, de San Salvador. Se graduó como Bachiller en Ciencias y Letras, en 1949.
Entre 1950 y 1951 estudió en la Escuela Normal Alberto Masferrer, donde obtuvo el grado de Profesor Normalista, Clase A. Siguió luego estudios especializados en la enseñanza de la Biología y la Química, y en 1955 obtuvo el título de profesor de estas especialidades, en la Escuela Normal Superior, institución de sólido prestigio académico en esos años.
Posteriormente, entre los años 1965 y 1969, siguió estudios de Maestría en Ciencias, en la Universidad de California en Riverside. En la misma institución hizo su doctorado en Ciencias y Filosofía con especialización en el control biológico de insectos. En 1979, la Universidad de El Salvador le otorgó la incorporación con el título de Doctor en Biología. Entre 1976 y 1977 fue asesor de investigaciones del ‘‘Centro Nacional de Tecnología Agropecuaria’’ del Ministerio de Agricultura y Ganadería. Entre 1984 y 1986 trabajó como etimólogo en el Centro Agronómico Tropical de Investigaciones y Enseñanza, CATIE, en Costa Rica.
En el año 1984 Rutilio publica su primera novela Dolor de Patria, la cual trata sobre la vida de varios campesinos que trabajan en las cortas de café en El Salvador. La historia es rica en personajes, pero se centra sobre todo en uno principal, Nicho, desde que tiene unos 10 años, hasta 50 años después, cuando la guerra en El Salvador estalla. Paralelamente se habla de la vida de Toño, quien será su mejor amigo en la adultez y en los momentos más difíciles de la enfermedad de Nicho. Una amistad tan fuerte y leal que dura más allá de la muerte injusta y sangrienta de ambos compañeros y amigos. la novela trata temas como la pobreza, la época de la bonanza del café y su decaimiento, los conflictos del estado debido al gobierno militar impuesto mediante fraudes electorales y los constantes abusos a los derechos humanos del pueblo salvadoreño
La ultima guinda es lanovela salvadoreña de tendencia izquierdista, escrita por José Rutilio Quezada. El tema sobre el que gira la obra es la vida de una joven salvadoreña, quien aspiraba estudiar medicina en la Universidad Nacional. Su vida era muy tranquila de un giro de 180 grados cuando sus estudios se ven frustrados debido a los constantes disturbios de la Universidad Nacional. Esto lleva a su madre a tomar decisiónde viajar a estados unidos un viaje del cual la protagonista decide regresar renunciando al asilo político para luchar por la causa de la guerrilla de El Salvador.
La obra inicia en la antesala de la guerra, los primeros grupos guerrilleros se están formando y ocurre la primera matanza por parte del gobierno.