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Quizás la principal diferencia entre bacterias y microorganismos pertenecientes al reino protista reside en que las bacterias son organismos procariotas, mientras que cada elemento protista es considerado Eucariota, es decir, su célula cuenta con núcleo. Sin embargo, en cuanto a estructura, nutrición y otras características presentan similitudes.
Cabe destacar otra diferencia entre protistas y bacterias: su celularidad o estructura: Las protistas pueden ser unicelulares o pluricelulares, mientras que las bacterias siempre serán unicelulares.
Por lo general, las bacterias representan un riesgo para la salud de muchos seres vivos por su potencial patógeno, algo que no observamos en las protistas.
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