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Euglena es un género de protistas unicelulares perteneciente al grupo de los Euglénidos, con numerosos cloroplastos en forma de lente o aplanados, cada uno con un pirenoide. Presenta un estigma o mancha ocular con lutenina, β-caroteno y criptoxantina localizados en varias vesículas membranosas próximas al margen del reservorio.
Poseen un flagelo largo que sobresale del reservorio con mastigonemas en una fila, con un engrosamiento en el extremo proximal. También puede aparecer un flagelo corto que se fusiona con la base del flagelo largo.
El núcleo es grande, siendo la división nuclear interna, sin rotura de la envoltura nuclear (mitosis cerrada), los microtúbulos se forman dentro del núcleo, aun cuando no se forma un típico huso acromático.
Presenta una invaginación anterior (bolsa flagelar), donde se insertan los flagelos. Asociado al mastigonema se observa la mancha ocular que actúa como un tamiz de la luz, antes de llegar a la protuberancia flagelar. Un gran vacuola descarga su contenido la bolsa flagelar. Carecen de cubierta rígida exterior compuesta por celulosa, por lo cual poseen una película flexible dentro de la membrana celular hecha de tiras de proteínas.
Algunos euglenoides poseen unos organelos simples sensibles a la luz, compuestos por fotorreceptores llamado mancha ocular y una mancha adyacente de pigmento, es decir, son aotótrofas fotosínteticas pero, encodiciones que no haya luz son heterótrofas ingiriendo el alimento circundante presente en el agua.