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El mayor inconveniente de esta hipótesis es que no resuelve el problema inicial de cómo surgió la vida (biogénesis), sino que se limita a pasar la responsabilidad de su origen a otro lugar del espacio.
Otra objeción es que las bacterias no sobrevivirían a las altísimas temperaturas y a las fuerzas que intervienen en un impacto contra la Tierra, aunque aún no se ha llegado a conclusiones en este punto (ni a favor ni en contra), pues se conocen algunas especies de bacterias extremófilas. Sin embargo, en los experimentos que recrean las condiciones de los cometas bombardeando la Tierra, las moléculas orgánicas, como los aminoácidos, no solo no se destruyen, sino que comienzan a formar péptidos. Además no se cuenta el tiempo que se demoraría en recorrer la distancia desde el supuesto objeto con vida hasta la Tierra.