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La separación Iglesia-Estado es el concepto legal y político por el cual las instituciones del Estado y religiosas (Iglesia) se mantienen separadas y la Iglesia no interviene en los asuntos públicos; teniendo cada parte una autonomía para tratar los temas relacionados con sus esferas de influencia. Es una de las medidas por las cuales se busca el establecimiento de un Estado laico o aconfesional, así como parte del proceso de secularización de una sociedad. La separación Iglesia-Estado está relacionada con la extensión de la libertad de culto a todos los ciudadanos; y, se condiciona a partir de este derecho la relación entre el Estado y la Iglesia. Ocurre sobre todo en aquellos Estados con religión de Estado u oficial que favorecen legal y/o informalmente una religión en detrimento de las demás por medio del patronato regio u otras acciones similares.
La separación entre Iglesia (sea esta anglicana, católica, luterana, presbiteriana) y Estado es una idea que comienza a surgir a partir del humanismo, durante el Renacimiento. Se consolida con la Ilustración, por medio de la corriente filosófica racionalista, llegando a ser una política oficial durante la Revolución francesa, la Independencia estadounidense y las revoluciones liberales que buscan deshacer la llamada "alianza entre el Trono y el Altar".
Actualmente, la separación entre la Iglesia y el Estado se encuentra plasmada en la mayor parte de las constituciones nacionales, mediante el establecimiento de un Estado laico. De hecho la tendencia en el mundo desde la edad moderna es hacia una secularización del Estado.